Nel merito, dall'esame della documentazione acquisita e da un riscontro della normativa vigente, si rileva quanto segue:
-    l'art. 91, comma 8, del Codice, così recita: "E' vietato l'affidamento di attività di progettazione, direzione lavori, progettazione, coordinamento della sicurezza in fase di progettazione, direzione dei lavori, coordinamento della sicurezza in fase di esecuzione, collaudo, indagine e attività di supporto a mezzo di contratti a tempo determinato o altre procedure diverse da quelle previste dal presente codice";
-    l'art. 124, comma 5, del Codice, prevede che i bandi, nelle procedure di affidamento ordinarie, siano "pubblicati nella Gazzetta Ufficiale della Repubblica Italiana - serie speciale - contratti pubblici, sui siti informatici di cui all'articolo 66, comma 7, con le modalità ivi previste, e nell'albo della stazione appaltante. Gli effetti giuridici connessi alla pubblicità decorrono dalla pubblicazione nella Gazzetta Ufficiale. Si applica, comunque, quanto previsto dall'articolo 66, comma 15 nonché comma 7, terzo periodo";
-    l'art. 262, comma 4, del Regolamento, stabilisce che "La progettazione di un intervento non può essere artificiosamente divisa in più parti al fine di eludere l'applicazione delle norme che disciplinano l'affidamento del servizio con esclusione delle parti eseguite all'interno della stazione appaltante";
-    l'art 267, comma 7, del Regolamento prevede che: "L'indagine di mercato è svolta previo avviso pubblicato sui siti informatici di cui all'articolo 66, comma 7, del codice, nell'albo della stazione appaltante, nonché eventualmente sul profilo del committente, ove istituito, per un periodo non inferiore a quindici giorni ... ";
-    l'art. 5, comma 2, del D.L. n. 83/2012, convertito nella Legge n. 134/2012, precisa che, al momento, permane la vigenza delle tariffe professionali di cui al D.M. 4 aprile 2001, "... ai soli fini, rispettivamente, della determinazione del corrispettivo da porre a base di gara per l'affidamento dei contratti pubblici di servizi attinenti all'architettura e all'ingegneria e dell'individuazione delle prestazioni professionali".
Nella fattispecie in esame, a fronte di un importo presunto dell'intervento pari a 3.530.000,00 euro, la stazione appaltante ha determinato (con criterio alquanto arbitrario) un importo del servizio di progettazione pari ad euro 96.121,64, così determinato:
A    -    Progettazione preliminare:
        -    Onorario a b.a.            € 19.177,75
        -    Spese                    €  1.000,00
                SOMMANO                    € 20.177,75
B    -    Progettazione definitiva:
        -    Onorario a b.a.            € 46.026,60
        -    Spese                    €  4.602,66
                SOMMANO                    € 50.629,26
C    -    Progettazione esecutiva
        -    Onorario a b.a.           € 23.013,30
       -    Spese                   €  2.301,33
                SOMMANO                   € 25.314,63  ________  €    96.121,64
Posto che, ai sensi dell'art. 267, comma 7, del Regolamento, l'indagine di mercato è consentita solo per un importo complessivo stimato inferiore a 100.000 euro, si rileva che l'importo dei corrispettivi, per le sole prestazioni indicate nell'avviso in oggetto, calcolato ai sensi del D.M. 4 aprile 2001, raggiunge una cifra pari a 160.782,74 euro. E' ragionevole ritenere, pertanto, che l'arbitrario calcolo dei corrispettivi sopra riportato, configuri un chiaro tentativo di evitare le procedure ordinariamente previste per appalti di importo pari o superiore ai 100.000 euro.
Peraltro, in base al costante orientamento della competente Autorità di Vigilanza, al fine di definire la procedura da seguire, la stima dell'affidamento deve considerare il valore complessivo di tutti i servizi da affidare all'esterno, compresa la direzione lavori e il coordinamento della sicurezza (Deliberazione AVCP n. 32 del 08/04/2009). Nella fattispecie, procedendo alla somma dei servizi in affidamento a quelli di direzione dei lavori e di coordinamento della sicurezza, l'importo complessivo supererebbe abbondantemente anche la soglia comunitaria.
Ne consegue che il calcolo degli onorari proposto dalla stazione appaltante risulta manifestamente illogico, in quanto gli importi della progettazione definitiva ed esecutiva sono stati calcolati dimezzando gli onorari derivanti dall'applicazione del D.M. 4 aprile 2001. Inoltre, manca la stima dettagliata delle spese, che sono state calcolate forfettariamente, stimando una somma pari al 10% dei predetti onorari, peraltro già dimezzati.